Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı / Molecular Biology and Genetics Master's Degree Program

Permanent URI for this collection

Browse

Recent Submissions

Now showing 1 - 5 of 38
  • Publication
    Open Access
    Badem ve soya kök hücre ekstraktlarının selülit oluşumunu baskılamasını moleküler düzeyde incelenmesi
    (İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sakarya, Begüm Erkök; Yerlikaya, Pınar Obakan
    Selülit kadınlarda % 80-90 oranda görülen bir bozuluktur. Kesin nedeni bilinmemekle birlikte deri altındaki bağ dokusu ve yağ tabakası arasındaki etkileşimin sonucu olduğu bilinmektedir. Selülit tedavisi ile ilgili uygulanan bir çok yöntem olmasına rağmen hala kesin bir çözüme kavuşturulamamıştır. Ayrıca selülit ve selülit tedavisi ile ilgili yayınların azlığı, selülitin daha fazla araştırılması gerektiğini göstermektedir. Selülit tedavisini temel hedefleri mikrosirkülasyonu arttırarak kan dolaşımının artması, bağ dokunun güçlendirilmesi ve yağ oluşumunun azalmasına yöneliktir. Soya bitkisi ve bileşenlerinin adipogenezi baskıladığı ve lipolizi arttırdığı bilinirken, badem bitksinin ve bileşenlerinin bağ doku bileşenlerini güçlendirici etkisi bilinmektedir. Tezin temel amacı soya ve badem bitkilerinden elde edilen kök hücre ekstraktlarının bitkilerin bilinen özelliklerinden yola çıkarak, bu ekstraktların güvenilirliğini ve etki mekanizmasını kanıtlamak ve selülite karşı alternatif tedavi yöntemi bulmaktır. Adipogenezin baskılanması ile ilgili etkinlik testleri 3T3-L1 fare pre-adiposit hücreleri üzerinde yapılacakken, bağ dokunun güçlendirilmesi ile ilgili etkinlik testleri CRL2076 insan normal fibroblast hücreleri üzerinde yapılacaktır. Anahtar Kelimeler: Selülit, badem, soya, selülit tedavisi, 3T3-L1 hücreleri
  • Publication
    Open Access
    Büyüme hormonu salgılatıcı hormon(GHRH) özgü aptamerlerin kolon ve pankreas kanseri hücre hatlarında terapötik etkilerinin incelenmesi
    (İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Sönmez, İlayda; Gürkan, Ajda Çoker
    Büyüme hormonu salgılatıcı hormon (GHRH) ve büyüme hormonu salgılatıcı hormon reseptörünün (GHRH-R) birçok kanser tipinde anlatımının belirlenmiş olması, GHRH karşı antagonistlerinin anti karsinojenik etki göstermesi GHRH sinyalinin bloke edilmesinin önemini ortaya koymuştur. Aptamerler hedef molekülüe yüksek bağlanma affinitesi gösteren tek zincirli DNA veya RNA molekülleridir. Bu tez ile amacımız GHRH özgü aptamerlerin anti-karsionojenik etkisinin MiaPaca Pankreas Kanseri ve HT29 Kolon Kanserinde gösterilmesidir. GHRH (1-29) peptidine özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin doza ve zamana bağlı olarak Mia Paca-2 ve HT29 hücrelerinde hücre canlılığına ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca 500 nM konsantrasyonda 72 saat boyunca TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamer uygulamasının yara kapanmasını engellediği, koloni çapını düşürdüğü, hücre ölümünü tetikleyip, Reaktif Oksijen Türevleri (ROS) oluşumunu indüklediği ve mitokondriyal membran potansiyeline ket vurduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Mia Paca-2 pankreas kanseri hücrelerinde her iki aptamerin etkin bir şekilde GHRH sinyali aşağı yolak elemanları olan GH ve GHRHR anlatımını engelleyerek GHRH sinyalini bloke ettiği tespit edilmiştir. Ayrıca hem MiaPaca pankreas kanseri hem HT29 kolon kanseri hücre hatlarında TKY .T2.08 ve TKY .T2.09 aptamerlerinin hücre koloni çaplarını küçülttüğü, TKY.T2.09 aptamerinin etkisinin daha yüksek olduğu sonucuna varılmıştır. Hem TKY.T2.08 hem de TKY.T2.09 aptamerlerinin hücre döngüsünü G2/M fazında tuttuğu hem de subG1 populasyonunu indükleyerek apoptotik ölüme neden olduğu hücre akış sitometresi analizleri ile gösterilmiştir. Hem HT29 hem MiaPaca hücre hatlarından TKY.T2.08 uygulamasının EMT sinyali üzerinde ket vurucu etkisi E-kaderin anlatımını arttırdığı, N-Kaderin anlatımını ise baskılaması ile gösterilmiştir. Ayrıca TKY.T2.08 aptamerinin MiaPaca hücre hattında Bip, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, TKY.T2.09 aptamerinin ise HT29 hücre hattında Calnexin- CHOP, ATF-6 anlatımlarını arttırarak, MiaPaca hücre hattında IRE1α, PERK, ATF-6 anlatımlarını arttırarak ER stresi indüklediği belirlenmiştir. Ayrıca her iki aptamerin Atg5, Atg12 anlatımını indükleyip, LC3 kesilimini arttarak otofajiyi uyardığı gösterilmiştir. TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin apoptotik ölüm üzerinde indükleyici etkisi PARP kesilimi, PUMA anlatımının arttırılması, BclxL anlatımının baskılanması ile MiaPaca ve HT29 hücre hatlarında gösterilmiştir. Sonuç olarak GHRH özgü TKY.T2.08 ve TKY.T2.09 aptamerlerinin MiaPaca-2 ve HT29 hücrelerinde EMT sinyalini baskılayarak hücre proliferasyonuna ket vurduğu, hücre canlılığını mitokondri membran potansiyelini düşürerek engellediği tespit edilmiştir. Bunlara ilaveten, her iki aptamerin otofaji ve ER stresi indükleyerek apoptotik ölüme yol açtıkları belirlenmiştir.
  • Publication
    Open Access
    miR499'un prostat kanserindeki rolünün araştırılması
    (İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, 2021) Kashani, Sina; Yerlikaya, Pınar Obakan
    Günümüzde insanların mücadele ettiği en büyük zorluklardan biri kanserdir. Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölüm nedenleri arasında en yüksek sırada yer alan erkeklerdeki kanserler arasındadır. Kanser araştırmalarında önemli hedeflerden biri miRNA'lardır. Bu tezin ana konusu, özellikle prostat kanseri tedavisinde kanser tedavisinde olası hedefe özgü tedavi için mikroRNA'ları gelecekteki hedef moleküller olarak araştırmaktır. Tez kapsamında, kötü ilerlemeye sahip agresif prostat kanseri hücreleri arasında miRNA'ların ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar ve hedefe özgü bir terapi olarak seçilen miRNA'ların nasıl seçildiği tartışıldı. Ayrıca prostat kanseri etiyolojisindeki genetik farklılıkların değerlendirilmesi hem in vitro hem de in siliko yöntemlerle araştırılması hedeflendi. Kanser genom atlas programı (TCGA) ve mirBase gibi miRNA ile ilgili veritabanları kullanılarak detaylı aramalar sonucunda hsa-miR-499a ve hsa-miR-499b, miRBASE veri tabanından toplanan verilere dayanarak 136 farklı literatürde atfedilen bir mikroRNA ailesi olarak bu tezin konusunu oluşturmaktadır. Tez kapsamında ayrıca konvansiyonel kemoterapi ajanları olan cisplatin ve paklitaksel'in yüksek metastatik özellikte PC3 ve PC3 p53+ hücrelerde rolleri incelendi. Bu bağlamda, prostat kanseri ile ilgili gelecekteki projeler için ön veri olarak değerlendirilebilecek tezin sonuçları umut vericidir.
  • Publication
    Open Access
    Epibrassinolid ve/veya temozolomidin apoptotik etkilerinin temozolomid dirençli LN-18 glioblastoma multiforme hücrelerinde incelenmesi
    (İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2021) Yükseloğlu, Eren; Yerlikaya, Pınar Obakan
    Glioblastoma multiforme (GBM), primer beyin ve merkezi sinir sistemi neoplazmalarının %16'sını içeren en yaygın malign beyin tümörüdür. Yetişkinlerdeki tüm beyin tümörlerinin %60'ından fazlasını oluşturur. GBM'ye karşı çeşitli modern tedavilere rağmen hala çok kötü prognozlu ölümcül bir hastalıktır. Hastalar genellikle tanıdan itibaren yaklaşık 14 ila 15 aylık bir ortalama hayatta kalma süresine sahiptir. Tedavinin ilk basamağında genellikle radyoterapi ve temozolomid (TMZ) kullanılmaktadır. Metile edici bir ajan olan TMZ, hastalarda yüksek DNA onarım enzimi MGMT ile uzaklaştırılır ve hastalar TMZ'ye dirençli hale gelir. Ayrıca ikinci basamak tedavide kullanılan kemoterapötik ajanların çoğu kan-beyin bariyerini geçemez. Bu bilgiler doğrultusunda araştırmanın amacı, bitkisel bir steroid olan epibrassinolidin (EBR) kan-beyin bariyerini geçtiğini ve TMZ'ye dirençli GBM hücre modellerinde apoptotik ölümü tetiklediğini göstermektir. Buna göre hedef, EBR'nin tek başına veya TMZ varlığında TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında hücre canlılığı, hayatta kalma, koloni oluşumu ve apoptotik hücre ölümü üzerindeki etkilerini göstermektir. Bağıl hücre canlılığı, MTT deneyi ile belirlendi. EBR tedavisinden sonra LN18 hücrelerinin koloni oluşturma potansiyeli koloni oluşturma deneyi ile incelendi. EBR tedavisi sonrası hücrelerin üç boyutlu formasyon oluşturma özelliklerindeki değişim, asılı damlacık ve 3D Matrigel teknikleriyle gözlemlendi. EBR'nin apoptotik etkilerini saptamak için DiOC6 ve DAPI fluoresan boyama yapıldı. EBR ve TMZ kombine tedavisinin LN18 hücrelerinde bağıl hücre canlılığını azalttığı gözlemlendi. EBR varlığında TMZ'nin tek başına TMZ tedavisine kıyasla koloni oluşumunu önemli ölçüde inhibe ettiği de gözlenmiştir. Kombine ilaç tedavisi ayrıca matrigel veya asılı damla yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen LN18 3D hücre kültüründe koloni çaplarını da inhibe etmiştir. Ayrıca TMZ ve EBR'nin kombine tedavisinin mitokondriyal membran potansiyelini azalttığını ve artan apoptotik indüksiyonun bir sonucu olarak DNA fragmentasyonunu arttırdığını gözlemledik. Tüm bu bilgiler, EBR'nin TMZ'ye dirençli LN18 GBM hücre hattında TMZ'nin etkinliğini arttırmak için güçlü bir aday olduğunu göstermektedir.
  • Publication
    Open Access
    ASPC-1 pankreas kanseri hücrelerinde gemsitabin ve (ya) epibrassinolidin uygulamasının apoptotik etkilerinin incelenmesi
    (İstanbul Kültür Üniversitesi / Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, 2020) Kuryayeva, Fadina; Yerlikaya, Pınar Obakan
    Pankreas kanseri pankreasta bulunan hücrelerin kontrolsüz şekilde çoğalmaya başlamasıyla oluşan, kanser ölümleri içerisinde dördüncü sırada olan agresif bir kanser türüdür. Gemsitabin (dFdC veya Gem), dioksisitidinin analoğu, pankreas kanseri standart terapisi olarak kabul edilmiştir. Gemsitabin pankreas kanseri tedavisinin her evresinde tercih edilmesine rağmen, kemodirenç meydana gelmesi ile ilgili kullanımı limitli bir ajandır. Antikanser tedavi stratejilerinde gözlemlenen en önemli problemlerden biri kanser hücrelerinde ilaçlara karşı geliştirilen direnç mekanizmasıdır. İlaçlara karşı direnç mekanizmasının geliştirilmesinde pek çok etken bulunmaktadır. Bu etkenlerden biri, ilk olarak bitkilerde büyüme üzerindeki etkisi, son yıllarda ise kanser hücreleri üzerinde etkisi araştırılan Brassinosteroidler üyesi olan Epibrassinolid (EBR)'dir. EBR doğal bir polihidroksi steroiddir. EBR'nin kanser hücrelerinde çoğalmayı önleyici etkisine ve hücre döngüsüne etki ederek apoptoz mekanizmasını başlattığı öne sürülmüştür. Bu araştırma kapsamında Gem ve (ya) EBR'nin pankreas kanseri hücre hattı olan AsPC-1 üzerindeki antikanser ve antiproliferatif etkileri incelemeye alınmıştır. AsPC-1 hücrelerinde mitokondri ve kaspazlara bağımlı apoptozun tetiklendiği, ayrıca dFdC ve EBR' nin kombine uygulanması hücre canlılığına sadece gemsitabin uygulamasına kıyasla daha etkin ket vurduğu belirlenmiştir. Ayrıca, dFdC ve EBR'nin beraber uygulamasının sadece dFdC uygulamasına göre hücre proliferasyonu, koloni oluşumunu engellediği gösterilmiştir. Daha sonraki aşamalarda dFdC ve (ya) EBR'in tetiklediği apoptozun ER stress ile ilişkisi moleküler düzeyde incelenmiş ve birçok proteinin anlamlı birşekilde değiştiği gösterilmiştir. Tez çalışması kapsamında elde etdiğimiz sonuçlar doğrultusunda, dFdC ve(ya) EBR' nin AsPC-1 pankreas kanseri hücre hattındaki apoptoz ve endoplazmik retikulumla ilişkili proteinler üzerinde sağkalımda tetikleyici etkisi olduğu sonucu elde edilmiştir